Computational Biochemistry Laboratory, Program Studi Kimia, ITB

Saya mau memperkenalkan laboratorium biokimia komputasi (Computational Biochemistry Laboratory) Institut Teknologi Bandung. Laboratorium ini tempat saya penelitian-thesis-hingga sekarang
Pendahuluan
Fokus  laboratorium biokimia komputasi adalah mempelajari fenomena biokimia pada tingkat molekular. Saat ini sifat-sifat yang dipelajari adalah

• Kestabilan termal (termostabilitas) : DNA Polymerase I dan Lipase
• kestabilan terhadap pH : Amylase dan DTR3
• kestabilan terhadap kadar garam (Halostabilitas) : Lipase dan Amylase
• Pengikatan ligan atau obat terhadap reseptor (docking) : Carbonic Anhidrase I 
• penentuan energi pengikatan (binding energy) ligan pada protein dengan metode 

(i)  FEP   : DNA Polymerase I, myoglobin dan DTR3
(ii) MMPBSA : DNA Polymerase I dan  Lipase
(iii) LIE : Lipase dan DNA Polymrase I

Semua sifat tersebut dianalisis hingga level atomik dengan menggunakan pendekatan molecular dynamic simulation sehingga kita bisa memprediksi sifat-sifat dari biomolekul dan menjelaskan penyebab sifat-sifat biomolekul. Hal ini sangat penting untuk penelitian rekayasa genetika untuk memperoleh mutan yang mengandung enzim yang sifat-sifatnya unggul.

Peralatan
A. Hardware

• 11 buah komputer Quadcore untuk simulasi
• 1 buah komputer core i-7 lengkap dengan VGA card NVIDIA GT220 1GB untuk analisis dan simulasii
• 3 buah komputer core2 duo untuk analisis  dan preparasi

(rencananya akan terus bertambah)

B. Software
Ada beberapa software yang biasa digunakan di lab kami yaitu :

• AMBER 10 untuk simulasi biomolekul
• NAMD untuk simulasi biomolekul
• DESMOND untuk simulasi biomolekul
• GAMESS untuk simulasi molekul sederhana 
• Autodock  untuk docking
• Glide untuk docking
• VMD  untuk preparasi dan analisis simulasi biomolekul
• MAESTRO untuk preparasi dan analisis simulasi biomolekul

Topik Penelitian saat ini

• Studi pengikatan myoglobin dari berbagai organisme terhadap oksigen (kerja sama dengan UNJ)
• Studi kestabilan termal enzim DNA Polimerase I  (Didanai hibah Fundamental DIKTI dan HKI ) 
• Studi kestabilan termal enzim Lipase isolat lokal 
• Studi kestabilan enzim lipase isolat lokal  terhadap garam dan pelarut organik
• Studi mekanisme katalisis  enzim lipase isolat lokal 
• Studi mekanisme katalisis  enzim DNA Pol I (Didanai riset KK DIKTI  ) 
• Studi afinitas  enzim lipase isolat lokal 
• Studi inhibisi senyawa fenolik terhadap carbonic anhidrase I 
• dll

Member
A. Ketua Lab
Dr. Rukman Hertadi
Wakil Kepala Lab
Dr. Santi Nurbaiti
C. Anggota
Mahasiswa S3

• Setyanto Tri Wahyudi
• M. Asyari

Mahasiswa S2

• Khabib Khumaini
• Beberapa di Jepang untuk pertukaran, tapi lupa namanya

Mahasiswa S1

• Tegar W
• Dedy Agus
• Fadly F

D. Alumni

• Tata, S.Si
• Dr. Sevente
• Feidy T, M.Si
• Reza A, M.Si
• Dll

mantaaappppp!!!!!! labny bung...apalagi komputernya wiiihhh....klo untuk drig design bisa nda yah?